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    炭疽芽胞杆菌：出现以下情形应考虑炭疽芽胞杆菌的存在：临床标本直接革兰染色涂片中发现有粗大芽胞的革兰阳性杆菌或血平皿上生长有不溶血、无动力、触酶阳性的菌落。出于国家安全考虑、潜在犯罪环境下的法医学要求、当地实验室水平的安全考虑以及确证真阳性结果的必要性，任何怀疑炭疽芽胞杆菌感染的病例均要立即向公共卫生机构报告。

    目前已有商业化的应用RT-PCR测试平台的炭疽芽孢杆菌试剂盒或ASRs。LightCycler炭疽芽孢杆菌检测试剂盒（Roche Applied Science，Indianapolis，IND）和炭疽芽孢杆菌生物威胁筛选试剂盒（Idaho Technology，Salt Lake City，Ttah）可用于LightCycler仪器上。而Artus（Hamburg Germany）提供的RealArt炭疽芽孢杆菌PCR试剂盒可同时应用于LightCycler仪器、ABI Prism仪器（7000，7700盒7900H）和Rotor-Gene仪器。这种PCR技术能为那些处于生物恐怖事件发生地但没有生物安全3级能力水平的实验室提供既快速、可靠的人性化、安全的检测方法。
    由于炭疽芽孢杆菌和其他潜在生物恐怖病原菌如土拉热弗兰西斯菌和鼠疫耶尔森氏菌感染的高死亡率以及天花病毒（天花病原体）感染导致的高死亡率和高传播性，这就要求那些需要近距离的医疗保健工作如医疗保健机构临床微生物实验室的现场操作必须有能快速检测病原体的技术。在这一方面，已有数篇论文描述了RT-PCR分析技术在快速鉴定炭疽芽孢杆菌中的作用。为确保区分有毒力菌株和无毒力菌株（可能会引起迷惑），分析技术必须采用能检测质粒pX0和质粒pX02上的毒力基因的引物和探针。

 病毒导致的新发和再发感染性疾病的检测

 天花病毒：排除那些可引起皮肤水疱样疾病的普通病毒极为重要。由于天花感染危险性极高，因此，CDC已经制订了能确定潜在天花病例的临床和实验室标准。据我们所知，RT-PCR能快速区分天花病毒和其他普通病毒。目前至少有两家公司已生产可应用于LightCycler仪器上的检测单纯疱疹病毒(HSV)或水痘带状疱疹病毒(VZV)的ASRs或试剂盒。我们已经在罗氏LightCycler仪器上应用这些试剂盒常规检测HSV和VZV并建立了一种RT-PCR技术以检测痘病毒类，包括天花病毒。更为重要的是，这种实时分析技术能区分多种痘病毒，最近该技术在一位来自upper Midwest感染猴痘病毒患者的病毒血症的诊断中发挥了重要的作用。

 西尼罗河病毒：排除可治疗的病毒性中枢神经系统感染的重要性。西尼罗河病毒是一种属于黄病毒科的RNA病毒，多引起中枢神经系统感染且有很高的发病率和病死率。人类感染西尼罗河病毒的第一个病例出现于1999年夏天的美国东北部；随后这种疾病无情地从美国的东部传播到西部。而在当时，并无有效的针对这种疾病的治疗措施。

 传统观点认为，在美国的夏季以及初秋，绝大多数病毒性中枢神经系统感染由肠道病毒所致。该季节时，在美国的绝大部分地区亦应考虑到西尼罗河病毒引起感染的可能。HSV在全年任何时期均可引起病毒性脑炎，而且抗病毒治疗通常有效。因此应重点排除HSV感染，尤其是诊治脑炎时。RT-PCR技术已经取代了病毒培养而作为金标准用以快速和精确地从脑脊液标本中检测HSV。如前所述，检测HSV的ASRs或试剂盒亦适用于Artus和罗氏公司的仪器。Artus也有能用于LightCycler仪器检测肠道病毒的试剂盒（AealArt肠道病毒RT-PCR试剂盒）。
 为数不多的研究结果表明，PCR法检测脑脊液标本中西尼罗河病毒的灵敏度要低于检测免疫球蛋白M抗体的免疫分析技术。目前只有少数几家参考实验室和公共卫生实验室具备开展免疫分析技术的能力。至少有两家公司提供用于LightCycler平台进行RT-PCR的ASRs和试剂盒（RealArt WNV RT-PCR试剂盒[Artus]；LightCycler WNV检测试剂盒[罗氏应用科技]）。由于部分病毒感染抗病毒治疗效果理想，因此在流行性区进行西尼罗河病毒的快速现场诊断至关重要。