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3.5 由于慢性病毒携带者(低水平HBsAg携带者)或HBV感染的潜伏期,HBsAg浓度低于检测水平的下限，由此造成假阴性。
3.6 S基因突变导致HBsAg的氨基酸结构改变，由于多数商用试剂盒检测系统采用的为多克隆抗体检测HBsAg的a决定簇，这一区域的点突变即可导致临界观测值或阴性结果，造成假阴性。
3.7 药物的影响：高效价的乙肝免疫球蛋白会与HBsAg形成复合物，影响HBsAg的检出，所以一些HBsAg阳性的患者注射高效价乙肝免疫球蛋白后，HBsAg检测呈假阴性反应。用0.5M的盐酸处理标本1小时可提高HBsAg的检出率。
4、ELISA法假阳性原因
4.1溶血或红细胞：有国内报道酶免HBsAg试剂检测溶血标本时可造成假阳性，因红细胞破坏溶解时释放出大量血红蛋白，血红蛋白的亚铁血红素具有弱过氧化物酶活性，其作用效应与辣根过氧化物酶（HRP）类似，能与预包被抗体（Ab）结合，一步法洗脱步骤往往难以完全洗脱，残留的过氧化物酶催化底物四甲基联苯胺（TMB）产生假阳性。因此在采集血标本时，量不能太少，操作过程中如果血清混浊，一定要离心后再吸样，避免红细胞加入造成假阳性。对于溶血的标本最好重新采集血液，进行重新检测。
4.2 标本凝集不全或标本离心处理时采用不同的离心转速和离心时间,也可造成假阳性结果。若在血液还未开始凝固时即强行分离血清，此时的血清中仍残留部分纤维蛋白原，在ELISA测定过程中可以形成肉眼可见的纤维蛋白块，易造成假阳性结果；离心转速过低或离心时间过短，由于血液离心不充分均可导致假阳性。解决的办法最好是血液标本采集后放水浴箱，使其充分凝固再用3000rpm,离心15分钟再分离血清。
4.3 干扰物质的影响：如类风湿因子（RF）、补体、AFP等可以造成HBsAg检测结果假阳性。RF因子可与标记二抗的Fc段结合造成假阳性；补体从C1q活化，使一抗和酶标二抗的抗体分子发生变构，Fc的C1q分子结合点暴露出来，则补体C1q可将二者连接起来造成假阳性，采用56。C30分钟灭活补体可降低假阳性率；高浓度的AFP（如孕妇），在储存过程中可能形成二聚体会导致本底过深造成假阳性结果。
4.4 某些细菌污染标本(如表皮球菌等),菌体中可能含有内源性HRP，造成检测结果假阳性。
综上所述，在进行HBsAg实验室检测时，为了最大限度地减少假阳性和假阴性结果的出现，在正确处理血液标本的基础上，原则上应该采取ELISA法进行初检,若为阳性,则用金标法进行复检,仍为阳性,则报告结果阳性；若为阴性，则用ELISA法进行双份血清复检,为阳性,则报告为阳性,若为阴性,则报告为阴性。但在实际操作中，若急需获得检测结果或标本溶血又无法重新采集到血样时，则可直接用金标法进行检测，但应注明检测方法，以便不同医院间结果的相互比较，以及避免患者再次用同一种方法检测造成不必要的经济浪费，更有助于临床医师做出正确判断。
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