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曲菌的内毒素使组织坏死，病灶为浸润性、实变、支气管周围炎或粟粒状弥慢性病变。临床上有四种类型。
一、支气管-肺炎型
曲菌菌丝在支气管粘膜上生长，但不侵入管壁。粘膜炎症轻微，有咳嗽、咳痰（痰可呈棕黄色）、低热等。如侵蚀肺组织，则可引起局限性的曲菌肉芽肿或肺炎、肺脓肿。
二、变态反应性曲菌病
对曲菌过敏者吸入大量孢子后，阻塞小支气管，引起短暂性肺不张，也可引起远端肺部出现反复游走性浸润。患者畏寒、发热、乏力、有刺激性咳嗽，咳棕黄色脓痰，有时带血。痰中有大量嗜酸粒细胞和曲菌丝。烟曲菌培养阳性。患者有显著哮喘，周围血嗜酸粒细胞增多。
三、曲菌球
曲菌寄生在肺部慢性疾病所伴有的空腔内（如肺囊肿、支气管扩张、肺结核空洞中）繁殖、储积，与纤维蛋白和粘膜细胞凝聚形成曲菌球，在X线下可见在原有的慢性空洞内有一团球影，随体位改变而在空腔内移动。曲菌球不侵犯组织，不引起病人全身症状，只有刺激性咳嗽，有时可反复咯血。由于曲菌球与支气管多不连通，故痰不多，痰中亦常无曲菌发现。
四、继发性肺曲菌病
重病患者（如白血病、淋巴瘤）的终末阶段，以及使用广谱抗生素、免疫抑制药物或各种原因导致机体免疫力低下者，肺部所伴曲菌感染是局限性肉芽肿或广泛化脓性肺炎，伴脓肿形成。病灶呈急性凝固性坏死，伴坏死性血管炎、血栓和菌栓，甚至播及胸膜、脑膜、肝、脾等全身脏器，预后很差。
诊断肺曲菌病除职业史、临床表现和X线检查外，确诊有赖于培养和组织学检查。多次痰涂片或经纤支镜刷检取样，可以见到菌丝和直径约2－3um的圆形棕色或暗绿色孢子，顶端膨大如菊花状。培养出现灰绿色芽生菌落，镜检证实有分孢子和成链的孢子。变态反应型者痰内还可见大量嗜酸性粒细胞。用曲菌浸出液作抗原皮试，变态反应型病人有速发型反应，提示有IgE抗体存在。血清沉淀试验（存在IgE抗体，Ⅲ型变态反应）或琼脂扩散试验对本病诊断亦有帮助。
治疗化脓性肺炎和血播性曲菌病亦采用两性霉素B，也可采用氟胞嘧啶或羟芪巴脒（hydroxystilbamidin）。变态反应型曲菌病可加用糖皮质激素、支气管解痉剂。曲菌球病灶局限且反复大量咯血者可行手术切除，因抗真菌药物效果不佳。
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