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近年来由于抗生素、激素、细胞毒性药物和免疫抑制剂的广泛应用，肺真菌感染病例有逐渐增多趋势。病理改变可有过敏、化脓性炎症反应或形成慢性肉芽肿。X线表现多种多样，无特征性，可为支气管肺炎、大叶性肺炎或称慢性小结节，乃至肿块状阴影。诊断主要依靠培养结果的真菌形态学辨认。血清学试验、抗原皮试只供参考。目前尚无很理想的药物，两性霉素B对多数肺部真菌仍为有效药物，但由于其副反应较多，使其应用受到限制。其他药物尚有氟胞嘧啶、米康唑、酮康唑、制霉素等也可选用。临床所见真菌肺炎常继发于大量广谱抗生素、肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等的应用，也可因体内留置导管而诱发。因此，医务人员应注意预防，这比治疗更为重要。本节重点阐述临床较常见的肺念珠菌病和肺曲菌病。
肺念珠菌病
肺念珠菌病（candidiasis或moniliasis）是由白色念珠菌或其他念珠菌所引起，临床上有二种类型，也是病程发展中的两个阶段。
一、支气管炎型
有类似慢性支气管炎症状，咳嗽，咳粘液性痰，有时呈乳白色，多不发热。X线显示两肺中下野纹理增粗。
二、肺炎型
肺念珠菌病
类似急性肺炎、发热、畏寒，咳白色粘液痰，有腥臭味，亦可呈胶冻状，有时咯血、气急。X线显示支气管肺炎样阴影，两肺中下野有弥漫点状或小片状阴影，亦可呈大片肺炎阴影，时有变化起伏，还可有多发性脓肿。少数病例可并发渗出性胸膜炎。
健康人痰中约有10%－20%可以查见念珠菌。诊断肺念珠菌病，要求连续3次以上痰培养有白色念珠菌生长，涂片可以查见菌丝，或经动物接种证明有致病力。在念珠菌败血症时，血、尿和胸脊液培养可阳性。
为了排除寄生于咽喉部的念珠菌污染，留痰标本时应先用3%双氧水含漱数次，不用头一两口痰，而取以后痰标本，新鲜送作培养。亦可取支气管镜或气管吸出液送检。要注意勿使痰液在室温存放太久，否则亦会有菌丝体生长。
轻症患者在停止诱发本病原因（如广谱抗生素、激素、免疫抑制剂和体内放置的导管）后，常能自行好转。重症则需用两性霉素B治疗，先每日0.1mg/kg溶于5%葡萄糖水中缓慢避光静滴，每日增加5mg，至每日30－40mg（不超过50mg），维持治疗1－3个月，总剂量1－2g。滴流中加用肝素有助于防止血栓性静脉炎。药物副反应有肾、肝功能损害，心律不齐，心痛，消化道不适及寒颤、发热等，应注意观察。亦可加用氟胞嘧啶，每日口服50mg/kg，1－3个月。副反应有胃肠道不适，药物热，骨髓受抑制和肝功能损害，单用时白色念珠菌容易产生耐药性。氟康唑每日顿服50mg，必要时可增至每日100-200mg，亦可先静脉滴注，病情稳定后改为口服。酮康唑每日口服0.2-0.4g，偶有肝功能减损，较长期服用者应定期检查肝功能。咪康唑亦具广谱抗菌作用，每日600-1200mg分2－3次溶于5%葡萄糖液250ml于1－2小时滴完。疗程2－6周或更长。
肺曲菌病
肺曲菌病（pulmonary aspergillosis）主要由烟曲菌（aspergillus fumigatus）引起。该菌寄生在上呼吸道，只有在慢性病患者机体免疫力降低时才能致病。
肺曲菌病
空气中到处有曲菌孢子，在秋冬和阴雨季节，当储藏的谷草发热霉烂时更多。吸入曲菌孢子不一定致病，大量吸入才能引起急性气管-支气管炎或肺炎。本病常继发于肺部已有疾病，如支气管囊肿、支气管扩张、肺炎、肺脓肿等。
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