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⑴、双歧杆菌属  革兰氏阳性无芽胞杆菌。
⑵、优杆菌属（真杆菌属）  革兰氏阳性无芽胞杆菌。
⑶、乳杆菌属  革兰氏阳性无芽胞杆菌。
⑷、拟杆菌属（类杆菌属）  革兰氏阴性无芽胞杆菌。
⑸、肠杆菌属  革兰氏阴性无芽胞杆菌。
⑹、消化链球菌属  革兰氏阳性球菌。
⑺、消化球菌属  革兰氏阳性球菌。
⑻、肠球菌属  革兰氏阳性球菌。
⑼、葡萄球菌属  革兰氏阳性球菌。
⑽、梭杆菌属  革兰氏阴性杆菌。
⑾、梭状芽胞杆菌属  革兰氏阳性有芽胞的粗大杆菌。
⑿、酵母菌  革兰氏染色阳性，着色不均匀。

二、报告方式：

1、文字描述法：

具体描述细菌总数，革兰氏阳性杆菌、革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性球菌变化，有无优势菌，可能的特征性细菌，并考虑该年龄段菌群特点，提出肠道菌群的初步印象诊断。如：

涂片所见：  细菌总数：          明显减少
革兰氏阳性杆菌：    较正常明显减少
革兰氏阴性杆菌：    较正常略减少
革兰氏阳性球菌：    较正常增加
革兰氏阴性球菌：    未见改变
酵母菌：            较正常略有增加
其它：              可见少量脓细胞
镜下印象：          呈Ⅱ度菌群失调改变

还可在报告中增加描述，如球菌是链球菌，有梭状芽胞杆菌等等，另正常的或未见到的可以不报告，如革兰氏阴性球菌、酵母菌等。
Ⅰ、Ⅱ度菌群失调是数量改变，Ⅲ度菌群失调是质量的改变。

2、菌群失调分度诊断的标准：

分度ⅠⅡⅢ

临床表现为潜伏型，临床症状不明显，是可逆的，即只要去除病因，不经治疗也能恢复。为局限型，通常是不可逆的，即不经治疗难以自然恢复。临床有慢性病的表现。为弥漫型，又称二重感染或菌交替症。主要表现急性腹泻，排便次数多，常见性状多呈粘液性和稀水样、脓血便。病情重或凶险。

粪便外观可以是正常成形软便，或不成形软便或稀便。多为程度不等的稀便，也可为粘液便、水样便、脓血便或柏油样便。多为程度不等的稀便、也可为粘液便，常呈黄绿色或黑色。

涂片可见细菌总数在正常范围，正常低值或略有减少；革兰阳性杆菌在正常低值；革兰阴性杆菌多有增加；革兰阳性球菌在正常高值或增加；类酵母样菌、梭菌常有增加；总之，仅是数量和比例轻度改变。细菌总数明显减少或无明显改变，偶见部分病例细菌显著减少；革兰阳性杆菌明显减少；革兰阴性杆菌明显增多，有时达90%以上；有的病例革兰阳性球菌增多（常见有葡萄球菌链球菌）、杆菌和球菌比例倒置（正常值约为75：25左右）。类酵母菌或梭菌呈明显增多，总之，粪便菌群已有明确改变，Ⅱ度菌群失调应补做粪便细菌分离培养和鉴定。细菌总数呈显著减少，粪便中原来的菌群大部分成员被抑制，只有一种细菌或真菌占绝对优势，最常见有葡萄球菌、白色念珠菌、致病性大肠杆菌、艰难梭菌、绿脓杆菌（即铜绿假单胞菌）和肺炎克雷伯菌等。总之，原菌群中的某一种少数菌成为菌群的绝对优势是Ⅲ度菌群失调症的主要特点，应同时做粪便细菌的分离和鉴定。

各度之间并没有一个明显的，指标性的分界线，要严格的区分是有困难的。检验者应根据病人年龄、粪便性状、病情表现、用药治疗等情况，综合进行判断菌群失调。