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瑞尔曼和其他研究人员在过去5年里建立了人类微生物群落的遗传目录：哪种微生物生活在哪儿。数百种互相作用、互相促进的物种，生活在每个人的体表和体内，每个人的微生物群落之间还有重叠。
研究人员想知道在人体环境中，微生物在免疫功能、营养、药物代谢方面，以及糖尿病、癌症、孤独症和多倍体硬化症等疾病中的作用。为了进行这些研究，他们必须进行大量的基因测序，分析群落里有哪些微生物，在一天之中它们如何变化，一生或饮食变化之后如何变化，某种微生物、微生物联合以及微生物代谢物都有哪些功能等。
生态微生物学家给人类微生物界带来了生态原则：殖民、继承、回弹、两个群体间的竞争与合作等。“科学问题确实存在交叉。”班菲尔德说：“比如殖民是指细菌首次到达居住地开始群体进化，这是一种生态上的连续性。当你看到一个酸矿废水池塘的表面，想像一下最初的有机物种怎样到达那里，同样可以想像新生婴儿，最初如何被细菌入侵的。”
生态微生物学家开始研究人类肠道、皮肤、口腔及其他微生物群落，他们已经走出了土壤、海洋、有毒废场等环境微生物领域。
生态微生物原则离临床应用尚有距离
婴儿一出生，首次暴露在微生物中之后，生命就开始受到无休止的围攻。各种细菌、病毒和真菌将它们的殖民地开拓进人类的皮肤、眼睛、肺、胃肠道等每一处暴露的器官。瑞尔曼说：“在面对病原体时，我们必须克服‘一种细菌一种病’的整体一维视角，菌群才是研究单位。”
人类细胞和他们的微生物搭档作为一种互相促进的“超级有机体”，各自都为对方提供了服务。美国国家卫生研究院2007年末开始了一项为期5年的人类微生物组计划(HMP)，致力于给人类庞大的微生物组测序。项目主管丽塔·普罗科特说：“要真正理解我们作为一个有机体的功能，需要包括人体的整个微生物群落，它们与我们的健康和生命息息相关，工作量比人类基因组还要大100倍。”今年研究人员完成了取自人体不同部位的178种微生物基因组的测序和分析，发现其基因编码含有超过3万种蛋白质。
尽管生态微生物学提供了一个框架来理解人类微生物群落，但它的所有方法和原则，离临床应用都还有一定距离。即使研究人员找到了某种细菌和某种疾病之间的确切联系，也没办法通过清除一种细菌或引入另一种细菌的方法来控制细菌群落。抗生素倾向于杀死相关的细菌，而不能杀死一个菌群，更无法产生菌群或移植它们。
珍妮特·简森是加利福尼亚大学伯克利分校的一位土壤微生物学家，正在研究造成克罗恩氏病肠道紊乱的相关细菌。研究小组的克莱尔·弗莱瑟-利格特说，“这些菌群有很强的适应性，能重新占领被抗生素扰乱的环境吗？我们如何检测才能回答这个问题？在它们的回复时期发生了什么？所有这些问题可能需要生态微生物学家们花数十年研究时间来寻找答案。”(常丽君)
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