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此外，民营医院在享受完3年免税期后，必须面对增值税、营业税、企业所得税等16个税种。按照业内测算，税收大约占到医院营业额的10．6％。
民营医院也一直难以享受到医保政策平等惠及。以上海爱尔眼科为例，2010年才获得了白内障手术的医保资格，在未获得医保资格之前，该医院半年内都未进行过白内障手术。这种收费合理，却无人问津的情况，在民营医院中屡见不鲜。
针对民营医院，还存在门诊进医保、住院不能进医保；医保报销比例比公立医院低；药品报销品种不如公立医院多等种种现象。它们复合起来形成了民营医院与公立医院不同的发展基础。
根据上海卫生协会统计，上海近两年全部或单科纳入医保定点的民营医疗机构共43家，仅占上海医院总数的7.85%。而且，上海500多家民营医疗机构中，绝大部分还在苦苦等待审批。
让民营医院发展举步维艰的第三重困难是人才流动性大，由于在户籍、劳保等方面的不确定性，特别是在职称晋升、学术地位、科研课题取得等方面经常受到限制，造成了民营医院缺乏长期留住人才的吸引力。
解决方式正在推进
据统计，2010年上半年，北京监测到违法医疗广告3000余条，其中民营医院占73.6%。更有数据显示，全国90％以上的民营医院存在广告违规行为。不能取得“同等待遇”的民营医院，正慢慢走向另一条道路。
对此，卫生部部长陈竺曾公开表态，对于民营医院，今后将支持医技好、口碑好的大医院，从严从紧抓小医院，建立严格的准入制度。
而针对民营医院发展中存在的一系列问题，各地方政府已经开始寻求解决方案。以北京市为例，从2010年5月起，北京市医疗体制改革的相关二十余项配套措施陆续出台，明确表示将使民营医院与公益性医院享受同样待遇，税收方面也按照国家政策给予优惠。
“未来北京市对符合规定的医疗服务收入免征营业税，这绝对是个对广大民营医院的利好消息。但怎么免，免多少，恐怕还得相关的配套措施出台。”北京儿童医院外科副主任周红表示。
而对于民营医院人才匮乏的情况，目前业界达成共识的解决方案，即是推进注册医师多点执业，建立有效的激励约束机制，引导更多的医务人员到民营医疗机构服务。
在上海，民营医院的高端化已经成为应对上述局面的一个手段。今年，复星医药（600196.SH）参股美中互利，从而入主和睦家医院，成为又一家进入医疗服务领域的上市公司。目前，上海市高端医疗服务市场容量为100亿元以上，并且逐年放大。
作为扩大影响、吸引人才的另一种方式，集团化也是近年来民营医院选择的方式。中国医院集团到目前已有120家左右，这其中就有不少民营性质的医院集团，例如南京长江医院集团、上海同济医院集团、凤凰医院集团、沈阳东方医疗集团等。
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